于是6月15日深夜，粤军高级将领在郑仙祠召开紧急会议，决定武力驱逐孙逸仙下台。在这危急关头，陈炯明在惠州派秘书陈猛荪持亲笔信劝止叶举。但叶举当着陈猛荪的面把书信掷落地上，让他回报说事情已不容不发…
得到消息的陈炯明怒不可遏地把茶盅也打碎了。
矛盾一触即发。
次日凌晨，叶举开始行动。他们提出的要求，与蔡元培等社会名流所提出的相同，就是请孙逸仙兑现他的诺言，并非想致孙于死地，所以在开炮前让人打电话向他透露了消息，让其赶快逃跑。
后来多位历史学家研究，六一六事件发生之时，陈炯明绝对不是主谋。孙逸仙炮轰广州后，陈炯明禁止部下组织大规模的反击，让孙逸仙安全离粤，实际上救了他。
俗话说一人巴掌拍不响，这起事件不能全怪陈炯明，孙逸仙也有很大责任：他先利用陆荣廷赶走龙济光，然后利用陈炯明、杨希闵和刘震寰三方势力赶走陆荣廷，然后又想利用杨、刘赶走陈。
如果得逞，后继会再用苏联人建党军消灭第三方。整个思路借力打力，能在几乎手无寸兵、寄居人下时还想得出这些厉害招数，表明孙老也不是盖的。
可是惯常黑吃黑的孙逸仙也有灯下黑的时候。因为他在陈炯明的地盘上。
粤军干将叶举、洪兆麟、熊略等集结了五十个营二万五千兵力，于6月16日凌晨突然炮轰总统府。宋庆龄以国家为重，再三央求孙逸仙先走，孙逸仙犹豫不决，林直勉等见事急燃眉，于是当机立断，不容分说，用力挽着孙逸仙强行撤离。
经过多方的曲折，孙逸仙他们终于安全抵达黄埔，登上了永丰舰。
凌晨将近六时，李章达等率领警卫团最后撤出总统府，冲出重围，辗转到达长堤海珠岛，乘电船登上白鹅潭的永丰舰，跟随孙逸仙与叛军决战。历尽艰险，他们为保卫孙逸仙、孙夫人等立下了汗马功劳。
不过蒋介石最终没有像正史上那样成其功劳。因为张汉卿比他更快，熟知史实的他在孙逸仙蒙难的次日即在武汉誓师南下。
华中人民军第8、10师沿粤汉线集结到株洲，向衡阳进发，于6月18日抵达郴州。驻江西的第4、9、11师也停止休整，向抚州集结。
赣南镇守使方本仁是与北伐军暗地里“同气连枝”的，见人民军由原先的“敌军”遥身一变为支援孙逸仙的“友军”，命令本部放开大路，听任人民军过境。
原本正史上的蒋介石在得到孙逸仙“事紧急，盼速来”的电召后倒是星夜自上海驰赴广东，在与孙逸仙共患难56天后终于脱险，并在随后将此战经过写成孙大总统广州蒙难记》。他起了贼鸡心思请孙逸仙作了序，从此在党内名声鹊起，也造就了一代枭雄。
不过战局的发展太快，他根本没有崛起的机会，这是时势造成的。