联合国为了让无所欲求的罗辑产生努力工作的动力，找到了极其符合罗辑虚构形象的女子庄颜，罗辑爱上庄颜并与之生儿育女。
联合国利用冬眠技术让庄颜和孩子冬眠，声称要到四百年后三体到达的“末日”才唤醒她们。
罗辑为了让心爱的妻儿能够在末日后也生存下去，开始拼命的思考如何挽救地球。
三体人也在地球三体组织余党中挑选出3个专门对付面壁人的破壁人，只有罗辑因为其诡异性，没有被指派对应的破壁人。
与此同时，行星防御理事会战略情报局也提出了“阶梯计划”：向对地球人感兴趣的三体舰队发送地球人的活体，好让地球人进入三体内部为地球刺探情报。
因为技术限制，只能运送半公斤的东西，局长托马斯·维德提出只需要运送冷冻的人类大脑即可，高度发达的三体人应该可以复苏大脑并克隆出整个身体。
他的女部下程心推动通过了安乐死法，好获得绝症病人的健康大脑参加“阶梯计划”。
程心的同学云天明暗恋她，在得绝症后购买了恒星dx3906的产权匿名送给程心，并申请了安乐死。
程心得知云天明身患绝症的消息，找到云天明邀请其参加“阶梯计划”。
尽管深爱的女人不知道自己的心意，还邀请自己去参加生不如死的计划，云天明还是同意了，并最终入选。
程心知道是云天明送自己星星的时候，云天明的大脑已经被取出连同少量粮食种子发往三体舰队（云天明复活的话需要食物），程心痛不欲生。
为了让后世继续推进阶梯计划，熟知计划的程心第一次冬眠。
而面壁计划这边，面壁人泰勒计划在末日决战之时，以球状闪电和宏原子聚变消灭己方地球太空军让其成为呈宏观量子态的幽灵舰队去抵抗三体（他认为已被摧毁的舰队不可能再被摧毁，已死的人不可能再死一次），该计划被他的破壁人识破并指出是没有作用的，还把他的计划向全世界披露。
地球人指责泰勒没有人性，泰勒本可以说“是计划的一部分”，但是他选择了承认并自杀身亡。
面壁计划被质疑，除罗辑外另外两个面壁人希恩斯与雷迪亚兹为躲风头进入为期20年的冬眠。
这一年罗辑回想与叶文洁的对话，从宇宙社会学的技术爆炸和猜疑链中，思考出了“黑暗森林”理论：宇宙中存在着无数文明，就像散落在黑暗森林中的猎人，不知道下一刻会跳出什么样的野兽伤害自己。
所以每个文明都需要小心翼翼的躲避着被其他文明发现，以免可能会被其他文明毁灭。
而自己发现有其他文明的时候，也猜疑着其是不是存在恶意，最简单最经济的方法就是抢先向疑似有文明的地方发起攻击，开一枪试试看。
在宇宙中，一旦暴露己方坐标就等于坐等己方文明被毁灭（地球被三体锁定就是一个例证）。
因此罗辑认为可以利用黑暗森林法则，要是地球对太空广播三体世界的坐标，让三体世界暴露，总有其他文明会收到坐标后向三体世界开一枪试试看。以此为要挟可以建立起威慑，让三体不敢轻举妄动，保护地球得到喘息之机，然后发展科学缩小差距，最终摆脱三体威胁。
但是这个理论需要实验，罗辑动用面壁人权利向太空广播了离地球几十光年远的恒星187j3x1的坐标，对外说是发送了毁灭咒语，被世人嘲笑。
等待实验效果至少要上百年（送信号出去要几十年，被摧毁后的信号到地球也要几十年），加上罗辑感染了地球三体组织的基因病毒，所以进入冬眠。
在罗辑长达近200年的冬眠中，被唤醒的面壁人雷迪亚兹计划在水星布置一百万颗恒星级氢弹，一旦爆炸会引发太阳系的行星连锁坠入反应导致太阳系毁灭，三体也就失去可以移民的对象，在人类灭亡后三体也会灭绝，以此要挟三体。
该计划被他的破壁人识破，向世界揭露，雷迪亚兹被控谋杀地球文明，他撒谎说自己体内有炸弹控制器，一旦死亡就会触发炸弹炸毁纽约，从而得以允许其回国，归国后被愤怒的人民用石头砸死。
而面壁人希恩斯则发明了表面上可以固化对三体必胜信念的思想钢印，暗中却给所有接受思想钢印的人脑海里固化了人类必败的认识，希望促使人类逃亡，后被破壁人其妻子山衫惠子识破，冬眠醒来后，在国际大会上被惠子揭穿，惠子自杀，他被取消面壁人身份。
罗辑苏醒后，因为一百多年来地球科技进步给人类带来了乐观精神，认为三体必败，面壁计划也被认为是失败的，他被取消面壁人身份。
此时亚洲舰队“自然选择”号执行舰长章北海虽不是思想钢印族，也认为人类必败，由于地球禁止逃亡（地球人类不可能都逃亡出太阳系，不患贫患不均，所以联合国只好宣布逃亡主义非法），章北海便操作“自然选择”号连带追击舰蓝色空间号进取号深空号终极规律号逃亡，想为人类留下文明的种子。
在逃亡中，因为补给不足问题，各舰船间互相产生了猜疑，都认为对方会先发制人发动攻击夺取能源与物资。
“黑暗战役”爆发，章北海阵亡，最终“蓝色空间”号幸存并逃亡。
而三体在罗辑对太空广播恒星187j3x1坐标以后便意识到必须抢时间到地球封锁地球的广播能力，所以派出先进的武器“水滴”于此时先行到达太阳系，水滴不费吹灰之力便消灭了几乎全部的地球太空舰队，并呆在太阳附近干扰电磁波，封锁了人类利用太阳做放大器的对外广播能力。
地球太空舰队中只有量子号和青铜时代号逃离了战场，途中同样爆发了“黑暗战役”，最终“青铜时代”号幸存并逃亡。
人类终于观测到恒星187j3x1被“光粒”摧毁，罗辑的咒语生效了，于是罗辑被恢复面壁者身份，由于太阳已经被封锁，罗辑也没有了抵抗三体的有效方法，开始领导在三体人看来没有作用只是安抚地球人情绪的“雪地工程”。
随后，罗辑被人们轻视并被逐出居住处，孤身一人来到叶文洁和杨冬的墓碑旁，拿出手枪对准自己的心脏，通过无处不在的智子与三体对话。
原来罗辑利用雪地工程，在太阳轨道上布置了三千六百一十四枚核弹，如果罗辑死去，所有核弹将被引爆，包裹核弹的油膜物质会形成围绕太阳的星际尘埃，在尘埃云团的遮挡下，太阳将在波段上发生闪烁。
所有核弹的位置经过布置，使太阳闪烁形成的信号发送出三张图形，组合成三体世界的三维坐标图。
太阳变成银河系中的灯塔，把咒语发送出去，当然太阳系和地球的位置也会同时暴露，这是玉石俱焚的方法。
三体人接受了罗辑的谈判条件，三体舰队偏离太阳系，地球与三体暂时和平。
三体向地球传授科学知识，地球则利用自身爆炸性进步的优势（三体几乎是匀速发展）反过来帮助三体拯救偏离航道的三体舰队，黑暗森林威慑建立，庄颜和孩子被唤醒与罗辑团聚。
由于核弹开关要是掌握在集体手中，就起不到太大的威慑作用（因为要是三体不惧怕广播的风险进攻地球，在三体舰队到来前人类还有至少一代人的时间可以存活，这对活着的人就是全部了；如果为报复三体的进攻，向宇宙广播三体世界的坐标，地球一同暴露的话，来自不明世界的毁灭打击随时都可能到来，这个结果远糟于放弃广播。所以当三体进攻时，人类的群体反应完全可以预测：放弃广播三体坐标。但是如果开关掌握在某一个人手中，个体的反应则无法科学预测，威慑力度大于集体掌握）。
因此联合国把开关交回给罗辑，罗辑成为“执剑人”（手执高悬两个文明头顶的达摩克利斯之剑）。
也许是为了让庄颜和孩子彻底得到平静的生活，也许是受不了自己丈夫手握两个文明命运的沉重，也许是成为执剑人的巨大压力让罗辑异化，几年后庄颜带着孩子离开。
罗辑每时每刻都不能有任何的软弱被三体看出，开始了长达50余年孤身一人与三体人对峙的执剑人生涯。
此间逃亡在外的“青铜时代”号见威慑成立欲返回，被诱回地球后，所有人被以反人类罪逮捕，“青铜时代”号向“蓝色空间”号发出警告讯息，“蓝色空间”号加速逃离。
地球舰队的“万有引力”号与三体的水滴编队，开始追捕“蓝色空间”号（对其穷追不舍的原因是担心逃亡飞船会因为报复，对外广播两个文明的坐标）。
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