清代,福建区划继承明制,设福建布政使司。省下辖有福州、兴化、泉州、漳州、延平、建宁、邵武、汀州八府及福宁州。顺治十三年(1656年),郑成功改厦门为“思明州”。康熙元年(1662年),郑成功驱逐荷兰殖民者后,改台湾为东都,设承天府,置天兴、万年两县,又在澎湖设安抚司。郑经治理台湾时,把东都改名东宁,升天兴、万年两县为州。康熙二十三年(1684年),清廷统一台湾后增设台湾府,属福建统辖,下设三县一厅。雍正二年(1724年),升福宁州为福宁府;十二年(1734年),升永春、龙岩两县为直隶州。光绪十一年(1885年),台湾府单独设省。到清末统计,福建省共设有9府、2州、58县、2厅。省与府之间还设4个分道作为派出机构:宁福道驻福州,辖福州府、福宁府;兴泉永道驻厦门,辖兴化府、泉州府、永春州;汀漳龙道驻漳州,辖汀州府、漳州府、龙岩州;延建邵道驻南平,辖延平府、建宁府、邵武府。此外,清代在福建设置闽浙总督(驻福州或杭州)和福建巡抚。督、抚原属临时设置,可是后来迄未取消。由于督、抚权力很大,成为全省最高军事、民政长官,原来正式的省一级长官——布政使、按察使,反成属官。另外,清朝还设置管领满洲驻防旗兵的镇守将军,原和地方行政无关,却兼管海关和粮储道、盐法道,遂也成省级官员。
辛亥革命后,历届中央政权均置福建省。民国2年(1913年),废除府、州制度,分设东、南、西、北四路观察使。民国3~16年(1914~1927年)改设闽海、厦门、汀漳、建安4个道;合并闽县、侯官为闽侯县,建安、瓯宁为建瓯县;改永春州、龙岩州为永春县、龙岩县;废除厅制,改平潭、云霄为县;析出同安县的厦门岛成立思明县。经过改革,全省计有4道、61县,仍然是省、道、县三级建制。民国23年(1934年)末,废除道的制度,成为省、县两级制;设10个行政督察专员区,分别驻长乐、福安、南平、仙游、同安、漳浦、龙岩、长汀、邵武、浦城等地。这是福建划分专区的开始。经过一段试行,又改划为7个行政督察区。在这前后,对县、市也作了调整。民国17年(1928年),从龙溪县划出华安县;民国22年(1933年),改思明县为厦门市;1934年,把光泽县划给江西省(1949年划回);民国29年(1940年),从沙县、明溪、永安县各划出一部分设立三元县,从建瓯划出一部分设水吉县;民国34年(1945年),柘洋(原属霞浦)、周墩(原属宁德)两个特种区改建柘荣、周宁二县;民国35年(1946年),把闽侯县的鼓楼、南台、仓山等地划出设立福州市。这样,从民国35年(1946年)至1949年解放前夕,全省共分7个行政督察区、2市、67县。