上下之分
八旗本无高低之分。
清军入关前，八旗中的正黄、镶黄两旗由汗王(皇帝)直接统领，其它6旗分别由汗王的子侄统领。惟镶黄旗只属于皇帝一人。镶黄旗内除了皇帝之外，没有其他宗室。皇太极为加强君权，崇祯八年前，已将与他平起平坐的代善、阿敏、莽古尔泰三大贝勒借故治罪，将正黄、镶黄、正白三旗收归自己统辖，开创了清帝直接控制“上三旗“的制度。
入关以后，宗室王公皆分隶镶白、正红、镶红、正蓝、镶蓝等五旗，皇子分府全部拨入这五旗。再无入正黄与正白旗的人。如此始有上三旗，下五旗之分。实际上，上三旗与下五旗只是相对于包衣佐领而言的，而与皇族和普通旗人无关。皇室管家内务府三旗的包衣佐领，主要服务于宫廷。下五旗亦设包衣佐领，皆为王府所属，各随其主之旗。
清顺治七年(1650年)，摄政王多尔衮去世，清世祖顺治开始亲政。他为了加强对八旗掌控，亲自统领了原属多尔衮的正白旗，这样由皇帝控制的镶黄、正黄、正白三旗，称为上三旗;由诸王、贝勒掌控的镶白、正蓝、镶蓝、正红、镶红五旗，称为下五旗，此后终清未改。上三旗较下五旗为崇，是皇帝的亲兵，担任禁卫皇宫等任务，下五旗驻守京师及各地。
雍正为进一步加强中央集权，削弱诸王、贝勒对各旗的控制，严格区分下五旗中的旗分佐领(俗称外佐领)和府属佐领(俗称内佐领)的隶属关系。下五旗中的主要部分旗分佐领，实际上也由皇帝直接控制。诸王及贝勒仅能控制其府属佐领。又以镶黄、正白、镶白、正蓝四旗居左，称为左翼;正黄、正红、镶红、镶蓝四旗居右，称为右翼。镶黄旗又称头旗。
全国驻防
清顺治元年(1644年)，清世祖顺治帝将首都从盛京迁到北京，本着“居重驭轻“的用兵原则，将八旗精锐半数驻于京城，是为禁旅。同时亦不忽视对对广大地方的控制，在全国各大省会、水陆要冲、边疆海防，派遣八旗长期驻守，以控扼京师以外所有最重要的军事据点，是为驻防。
主要形成以下几条驻防线:运河驻防线(京师、德州、京口、杭州)、黄河驻防线(德州、开封、西安)、长江驻防线(江宁、京口、荆州、成都)、东南沿海驻防线(杭州、福州、广州)、此外还有京畿驻防线、关外驻防线、塞外蒙古编旗驻防及甘肃新疆驻防线等等--清廷根据旗民分治的原则，在驻防地为旗人筑城别居，或者在城内划出一角令旗人居住，通常称之为“满城“。
康熙末年(1722年)，全国已设驻防将军11名，即西安、江宁、杭州、京口、福州、广州、荆州、右卫，以及盛京、吉林和黑龙江。雍正朝添设2名:青州、宁夏。乾隆朝对八旗驻防有较大调整，增绥远城、伊犁、成都共3名，裁撤京口、青州和右卫3名，总数为13名。另有察哈尔都统，以及乾隆四十八年(1783年)于乌鲁木齐增设的一名都统。
这样一支不仅常驻于边疆，而且常驻于腹里内地的制度化的武装力量为历朝所未有，是满洲统治者维护统治的主要工具。而它所监视、控制的主要对象则是绿营。
直至18世纪中叶，八旗营区终于系统地分布于全国的军事要地，实行永久性的驻扎。
俄罗斯佐领
清康熙二十四年(公元1685年)，对俄雅克萨之战胜利，沙俄侵略军中有101人被押至北京。康熙年间，八旗满洲佐领的标准丁额为100人。在北京的俄罗斯人达到百人，正好符合编设一个佐领的条件。公元1685年，清政府发布了命令，这些阿尔巴津人被编在了负责保卫京畿的八旗兵的镶黄旗中，为满洲第四参领第十七佐领，驻地在北京东直门外的胡家园胡同。不仅如此，清政府对俘虏中的军官分别赐予了四品至七品的官衔，同时像对其他满人一样，赐予了他们房屋、土地，并隔一定时间给予津贴补助，并且将步军统领衙门里的女犯赐予他们为妻。
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