福临崩后，梓宫厝于景山寿皇殿。四月十七日，由再次进京的茆溪行森秉炬，举行火化仪式。茆溪森的偈语云：“释迦涅盘，人天齐悟，先帝火化，更进一步。大众会么？寿皇殿前，官马大路。”火化后宝宫（骨灰罐）安葬于遵化马兰峪，是为孝陵。庙号世祖，谥号章皇帝，后世累有尊谥，至乾隆元年尊谥加为二十二字：体天隆运定统建极英睿钦文显武大德弘功至仁纯孝章皇帝。
后妃：
皇后：
废皇后：博尔济吉特氏。蒙古科尔沁部卓礼克图亲王吴克善之女。生卒年不详。孝庄文皇后侄女。
孝惠章皇后：博尔济吉特氏。蒙古科尔沁部镇国公后封贝勒绰尔济之女。生于崇德六年(1641)辛巳十月初三日。曰孝惠仁宪端懿慈淑恭安纯德顺天翼圣章皇后。废后的堂侄女；雍正、乾隆累加谥。
孝康章皇后：佟佳氏。都统佟图赖之女。生于崇德五年庚辰。曰孝康慈和庄懿恭惠温穆端靖崇文育圣章皇后。皇三子玄烨（康熙帝）一子；雍正、乾隆累加谥。
孝献皇后：董鄂氏内大臣鄂硕之女生于崇德四年（1639）；顺治十七年八月壬寅八月十九日谥曰孝献庄和至德宣仁温惠端敬皇后皇四子（和硕荣亲王），三月而殇抚远大将军费扬古之姊。
妃：
恭靖妃博尔济吉特氏蒙古浩齐特部额尔德尼郡王博罗特之女二十八年己巳四月初二日薨康熙十二年十二月尊为皇考恭靖妃
端顺妃博尔济吉特氏蒙古阿霸垓部一等台吉布达希布之女四十八年己丑六月二十六日薨康熙十二年十二月尊为皇考端顺妃
淑惠妃博尔济吉特氏蒙古科尔沁镇国公后封贝勒绰尔济之女五十二年癸巳十月三十日薨，年七十余孝惠章皇后之妹
宁悫妃董鄂氏长史喀济海之女三十三年甲戌六月二十一日薨爱新觉罗·福全（裕宪亲王）
悼妃博尔济吉特氏蒙古科尔沁部和硕达尔汗亲王曼殊锡礼之女顺治十五年（1658年）三月初五薨废后的堂妹；追封为悼妃
贞妃：董鄂氏轻车都尉一等阿达哈哈番巴度之女顺治十八年辛丑正月初七日以身殉世祖死孝献皇后之族妹
恪妃石氏吏部侍郎石申之女康熙六年丁未十一月二十日薨