嘉庆十年(1805年)将起义镇压下去，在历时九年多的战争中，白莲教起义军占据或攻破州县达204个，抗击了清政府从十六个省征调来的大批军队，歼灭了大量清军，击毙副将以下将弁400余名，提镇等一、二品大员二十余名，清政府耗费军费二亿两，相当于四年的财政收入。这次起义使清王朝元气大伤，此后清朝的统治逐渐走向衰落。
镇压东南匪乱
由于清政府对民众的压榨加剧，东南沿海部分民众被迫下海为盗，从乾隆五十九年(1794年)起蔡牵在东南海上劫船越货，封锁航道，收“出洋税“，后来进一步发展为反清起义。清政府命浙江水师提督李长庚赴闽造大舰，铸炮负责镇压，后来李长庚阵亡，直到嘉庆十五年(1810年)，起义才被镇压。
镇压天理教起义
嘉庆十八年(1813年)，趁嘉庆帝离京前往热河围猎，北京防务空虚，北方爆发天理教起义，部分天理教徒在太监接应下冲进皇宫，当时正在宫内的皇次子绵宁(道光帝)用鸟枪打死了两个天理教徒，镇国公奕灏调来火器营、健锐营兵入宫，义军终因寡不敌众，被全部消灭。获悉事变后，嘉庆帝下诏罪己，同时严令对冲进皇宫的起义军血腥屠戮，并诱捕在城外的头目林清等。随后，各地的天理教起义陆续被镇压。
经济
蠲免钱粮
他亲政后除了他死的那年外，年年都蠲免灾区的钱粮;六十大寿还普免全国积欠钱粮，大约有两千一百多万两白银，四百多万石米。
重农政策
嘉庆帝重农抑商，他多次禁止开矿。在位时期正是19世纪初，英国的工业革命已经进行几十年了，但嘉庆帝对此一无所知，继续严守先君之制，重农抑末，压制各地工矿业，闭关自守，清朝只能沿着衰微的道路继续走下去。
嘉庆帝在内乱频仍、外患渐逼中，倾力企图维护清王朝的稳定巩固，然而不可逆转的历史发展趋势，使清王朝的败落于嘉庆末年已完全表面化，并从此日渐走向衰亡。
文化
颙琰在位时期结束了文字狱。颙琰和清代历朝皇帝一样，提倡封建礼教。十分懂得“文教治天下“、“以孝治天下“，的道理，竭力用尊孔和提倡封建礼教来完善和巩固其统治，力求在人民心目中树立自己作为传统道德捍卫者的形象。
嘉庆九年(1804年)，颙琰亲到翰林院，在先师孔子牌位前行礼。按旧制，要行二跪六拜礼，为表示对孔子的虔敬，特行三跪九拜礼。此后，他还数次或亲自或派皇次子旻宁“释奠先师孔子“。
嘉庆十四年、二十四年即颙琰五十、六十寿辰时，特准孔子73代孙孔庆镕两次赴京祝寿。孔庆镕在京期间，颙琰对他关怀备至，多次召见，详细询问他本人及其家庭、孔庙的有关情况，赏给他许多珍宝、书籍，还说自己因为频年动乱、水旱灾害，始终未能到孔庙朝圣，十分遗憾，一再告诫他:“你诗礼承家，好生承先圣世业，总要忠孝存心“。颙琰对孔子后代及孔府的关怀备至，是为了加强孔子儒家思想在中国的统治地位。
社会
治理河工
颙琰和乾隆帝一样重视治河，赈济灾民。尽管镇压白莲教起义用了两个亿的军费，他还是为南河工程拨了4000余万两的治河款。
人地矛盾
嘉庆时期人多地少的矛盾愈发严重，人民普遍吃不饱饭。对此颙琰能采取的只是限制烟草，茶叶等经济作物的种植;鼓励渔猎活动，弥补口粮不足;进一步推广精耕细作，土豆玉米等高产作物的种植等治标不治本的措施。
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