1900年6月13日，义和团进入内城，当天烧毁孝顺胡同亚斯立堂、双旗竿(今外交部街西口外)伦敦会、八面槽(王府井)天主教东堂、灯市口公理会、东四五条西口的美国福音堂、交道口二条长老会、鼓楼西鸦儿胡同长老会、西直门内天主教西堂、西四羊肉胡同基督教堂、石驸马桥安立甘会、宣武门内天主教南堂共11所教堂。有3200名天主教徒逃入(有42名法兵占据)天主教北堂，2000多名基督教徒逃入东交民巷的使馆区。拳民在北京放火烧掉教堂和一切与西洋有关的事物。
1900年6月15日，军机处曾一度传旨，令在任两广总督的李鸿章，及山东巡抚袁世凯速入京。
1900年6月16日，前门一带约千家(一说四千家)商铺因老德记西药房大火而被烧成废墟，正阳门楼、北京24家铸银厂也遭烧毁。拳民同时四处破坏教堂攻击教民，庄王府前大院被当成集体大屠杀的刑场。除了屠杀教民外，义和团更滥杀无辜，诬指许多市民(包括许多妇女小童)为白莲教而烧死戮死，如据当时目击者记载:“乡民适趋市集，七十余人悉絷以来;伪饰优伶冠服儿童戏物，指为白莲教;下刑部一夕，未讯供，骈斩西市。有妇人宁家，亦陷其中，杂诛之，儿犹在抱也“;也有被公报私仇而杀者，如扶持义和团的庄亲王载勋、端郡王载漪的好友副都统神机营翼长庆恒一家大小十三口因被寻仇于七月初被全部杀害。而义和团民的不同派别也互相武斗残杀。义和团、京师禁军和甘军也肆意奸杀妇女，不计其数。除了屠杀奸淫外，义和团及清军也掳掠洗劫商户平民，并将赃物公开拍卖。当时的权贵之家也不能幸免，如吏部尚书孙家鼐、大学士徐桐的家都被抢掠，徐桐(时年八十)更被义和团民拖出批斗。是日慈禧召开御前会议后，一度发出勒令解散拳民的上谕。
1900年6月17日，联军攻占大沽口炮台。慈禧收到此消息的同时，得到虚假情报，以为外国的要求她归政于光绪。慈禧态度作出一百八十度转变，转为支持义和团及向洋人开战。命刚毅、载漪、载勋、载濂、载澜统领义和团，载勋任步军统领九门提督。