吕惠卿对神宗皇帝说：“郑侠奏章中提到青苗、免役这些事，尽人皆知。不过披甲、登殿这些宫中事，他一个下等官怎么能知道？”言外之意，这些都是朝廷的要员才知道的，这分明是暗指宰职，排除法就剩冯京了。
原本被打发走的郑侠被重新押解了回来，重审！最终，郑侠狱案审定，冯京确实被牵连进去，罢了冯京的参知政事，知亳州。但郑侠案却成了一系列重大事件的导火索。
御史台收到情报，是王安国受冯京指使，教唆郑侠弹劾吕惠卿。王安国是王安石的弟弟，但政治立场却不相同，是坚定的反改革派。王安国认为王安石是受吕惠卿等身边一帮小人蛊惑，才出台被天下人怨怒的新法。但作为一家人，王安石、王雱父子俩都和王安国的感情很好。
御史台求证时，王安国不肯承认，显然他也知道这么做是称不得光彩的，这种行为与反改革派以君子自居的格调是不相吻合的。御史台便找来郑侠对质，郑侠笑着对王安国说：“平甫平日里自许刚正，怎么今日像小人一样学会抵赖啦？”王安国只好承认了他们交往的事实。王安国与郑侠的相识却是缘于王安石，郑侠最初是受王安石欣赏才得到提拔的，但不久郑侠便与改革派划清了界限。郑侠案后王安国剥夺进士出身，削为布衣。消息传到江宁，王安石感到悲戚。而王雱看到自己叔叔的境遇，便对吕惠卿的心生恨意，把这本账算到吕惠卿的头上了。王安国虽然反对变法，但他毕竟是和自己感情深厚的叔叔。而实际情况不过是王安国在郑侠与冯京案中被牵连进去了，而且事实确凿，并不是吕惠卿有意而为之，更没有给王安国泼脏水。
焦虑的吕惠卿除了体现在打击反改革派的郑侠、冯京，还在执政的第二个月就提拔自己的弟弟吕升卿为崇政殿说书。很可惜，无论什么时候，无论是改革派还是反改革派，人才都是极其有限的。哪里会都是司马光、王安石、吕惠卿、王雱这样的鸿儒硕学？吕升卿的才能被广受诟病。弟弟才能有限，只能哥哥出手相助，但帮的了一时，帮不了一世，吕惠卿毕竟是改革派的带头人，也有大量的工作要去做。吕升卿的这个崇政殿说书就成了吕惠卿人生的污点。
吕升卿是庸才，并不影响吕惠卿是一个干才。在他的主持下，各项新法都得到了进一步的完善。新法刚推行时并不完美，如“免役法”推出后，如何鉴定农户等级成了核心问题，等级鉴定不公平会成为社会矛盾的爆发点，东明县群体事件便是其中一例。吕惠卿便为此推出了“手实法”，予以补充。居民自报人口、财产等项目的图表叫手实。官府将手实张贴公示，鼓励左邻右舍和知情人举报，举报内容如果坐实，拿出隐瞒财产的三分之一奖励给举报人。无论“手实法”利弊如何，他都是在对新法进行完善和补充。
而吕惠卿的成绩却没有得到广泛的认可，反改革派是无论如何也见不到改革好的，而改革派内部的王雱也因为吕惠卿办的冯京案牵扯到王安石的家事，开始对吕惠卿心生不满。正在这时，大宋东北的辽国人在安静了二十多年后，在王安石刚刚罢相后向宋朝发难——索要领土。解决内部矛盾主要靠嘴，退敌则需要靠能力。
无论是两宫太后、反改革派，还是改革派都没有料到，罢相十个月的王安石，在熙宁八年（1075）带着刚刚完成的《周官新义》又回来了，再次拜相。