想驳斥司马光的问题并不容易，迄今为止还没有人做过地形测量，测量运河上下游八百四十余里的水流之地的高度差很难测量。而沈括竟然创造出了一个新的测量方法——分层筑堰法。测量到京师上善门比泗州的淮口高出十九丈四尺八寸六分。这是一项技术难度极大的准备工作，是地形测量技术上的一个创举。这下反对派们无不感到汗颜，都不说话了。
熙宁三年（公元1070年），汴河水利工程正式获批，上马建设。汴河水利工程的两大关键部分，一是淤田，二是疏浚。侯叔献和杨汲、沈括辟大湖、立新堤、开支流，引樊水和汴水的淤泥治理盐碱地，经过数年努力，将汴河两岸荒芜之地变成了数万顷良田。他主持开挖河道、设置河闸调节水量，既利灌溉，又利水运。开河二千余里，大面积改善了当地农田灌溉条件。运河修成功后，名叫“清汴”运河。每年为朝廷节省了一大笔开塞汴口的费用，京师汴堤不再有冲决之患。汴河四时行流，终年可通漕运。更可使京、洛和东南相互交通，便于物资交流。
侯叔献回到汴京办差，晚上和沈括吃饭，二人端起酒杯。
侯叔献问：“京城都是怎么说‘农田水利法’的？”
沈括说：“他们说你淤田淹没了无数百姓的房子和庄稼，他们说你的淤田薄的像纸，不能种庄稼。他们还说西南蛮的兵变也是‘农田水利法’闹的。”
侯叔献说：“那也太离谱了吧，怎么联系起来的呢？”
沈括说：“他们说你治水破坏了风水龙脉，招来了天神降灾。”
二人大笑，举起酒杯：“来！敬他们！”
“农田水利法”之所以会遭到强劲的攻击，是因为颠覆了人们的传统认识。就如苏轼给神宗皇帝上的万言书中说的：“天下太平，民物滋息，四方遗利盖略尽矣。”司马光也说：“天地所生，货财百物，止有此数。”而“农田水利法”的成果却是和王安石的意见的相符合的——“欲富天下，则资之天地。”这是一种提高生产力的思想。
侯叔献回到条例司，见到李承之和王安石，除了汇报“农田水利法”的施行情况，还很关心“募役法”。
侯叔献急切的问李承之：“‘募役法’编修的怎样了？”
李承之十分不解侯叔献怎么关心“募役法”，但是还是回答：“已经编修了一部分，由于涉及面很广，相公想和圣上再细细讨论。”
李承之问道：“青苗钱已经保障了淤田等农田水利项目，和‘募役法’有何关联？”
侯叔献说：“农田水利工程量巨大，不能只靠地方劳役完成，主要依靠朝廷的拨付经费招募役建设。但传统的各项劳役也包括兴修水利，都是义务服役完成。干的都是一样的劳动，有人领工钱，有人没工钱，终成隐患！”
制置三司条例司检详文字李承之是最早认识大宋“差役法”弊端，并提出切实可行的改革措施的人之一，王安石赞赏有加。为了让新法论证的更加充分，细节更加合理，由李承之编修的“募役法”是所有经济改革中提出最早，颁布最晚的新法。王安石认为侯叔献的建议很有道理，加快了“募役法”的论证工作。
各项新法之所以能够获得良好的效果，固然和改革派的君子们不畏流俗之言，坚持用科学与坚韧的态度顽强推动有关。而制置三司条例司把相关的配套改革措施及时跟上也是至关重要的。前车之鉴，“庆历新政”前后持续不到一年，原因就是改革措施不成体系。一项新法颁布，新法与原有体系不衔接，又没有与之相配套的改革措施跟进配合，这样的改革只能无疾而终。